Ondokuzcu yüzyılda başlayan yenileşme hareketleri çerçevesinde Padişah Abdülaziz’in 29 Mayıs 1862 tarihli “İrade-i Seniyye”si ile kurulmuş olan Sayıştay’ın ilk başkanlığına Evkaf Nazırı ünlü devlet adamı Ahmet Vefik Paşa getirilmiştir. İlk kuruluş statüsü bir nizamname olan Sayıştay 1876 Anayasasında yer alarak anayasal bir kuruluş haline gelmiştir.
1920-1923 yılları arasında daha önce Sayıştay’ca yürütülen kimi görevler TBMM üyeleri arasından seçilen bütçe denetimi ile görevli geçici bir komisyon eliyle yürütülmüştür. Cumhuriyetin ilânıyla birlikte 24 Kasım 1923 tarih ve 374 sayılı “Divan-ı Muhasebatın Sureti İntihabına Dair Kanun” çıkarılarak Cumhuriyet döneminde Sayıştay yeniden kurulmuş ve 1924 Anayasasının 100’üncü maddesinde yer alarak anayasal kimliğine yeniden kavuşmuştur. Bu Anayasa maddesiyle Sayıştay’ın Türkiye Büyük Millet Meclisine bağlı olduğu ve devletin bütün gelir ve giderlerini denetlemekle görevlendirildiği açıkça belirtilmiştir.
1.6.1934 tarihinde yürürlüğe giren 2514 sayılı “Divan-ı Muhasebat Kanunu” Sayıştay’ın kuruluş ve işleyişini yeniden düzenleyerek, bu tarihe kadar uygulanan dağınık Sayıştay mevzuatını yürürlükten kaldırmıştır.
Devlet bütçesinin nitelik ve yapısal yönden gelişmeler göstermesi ve 2514 sayılı Kanunun gereksinmeleri karşılayamaz olması nedeniyle Sayıştay, 1961 Anayasasının 127’nci maddesi ile yeni bir kuruluşa ve işleyişe kavuşturulmuştur. Sayıştay’ın sözü edilen gelişmelere ve 1961 Anayasa hükmüne uyumunu sağlamak üzere de 21.2.1967 tarihinde 832 sayılı Sayıştay Kanunu çıkarılmıştır.
1982 Anayasasının 160’ıncı maddesine göre Sayıştay, merkezî yönetim bütçesi kapsamındaki kamu idareleri ile sosyal güvenlik kurumlarının bütün gelir ve giderleri ile mallarını Türkiye Büyük Millet Meclisi adına denetlemek ve sorumluların hesap ve işlemlerini kesin hükme bağlamak ve kanunlarla verilen inceleme, denetleme ve hükme bağlama işlerini yapmakla görevlendirilmiştir. Ayrıca Sayıştay’ın uygunluk bildirimleri hazırlaması görevi de anayasal planda ele alınmış ve Anayasanın 164’üncü maddesinde konu edilmiştir.
832 sayılı kanunda günün ihtiyaçlarına paralel çeşitli değişiklikler yapılmıştır. Sayıştay Kanununa 4149 sayılı Kanunla eklenen “Verimlilik ve Etkinlik Değerlendirmesi” maddesi ile Sayıştay’a son derece çağdaş yetkiler ve sorumluluklar verilmiştir. Anılan yasa hükmüne göre Sayıştay, denetimine tabi kurum ve kuruluşların kaynaklarını ne ölçüde verimli, etkin ve tutumlu kullandıklarını incelemeye yetkili kılınmıştır.
2003 yılında, 4963 sayılı kanunla Sayıştay Kanununa ek 12. madde ilave edilerek görev alanı genişlemiştir. Bu maddeye göre: “Türkiye Büyük Millet Meclisi araştırma, soruşturma ve ihtisas komisyonlarının kararına istinaden Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığının talebi üzerine Sayıştay, talep edilen konuyla sınırlı olmak kaydıyla denetimine tâbi olup olmadığına bakılmaksızın özelleştirme, teşvik, borç ve kredi uygulamaları dahil olmak üzere tüm kamu kurum ve kuruluşlarının hesap ve işlemleri ile aynı usule bağlı olarak, kullanılan kamu kaynak ve imkânlarından yararlanma çerçevesinde her türlü kurum, kuruluş, fon, işletme, şirket, kooperatif, birlik, vakıf ve dernekler ile benzeri teşekküllerin hesap ve işlemlerini denetleyebilir…” Sayıştay tarafından yapılan bu denetime ilişkin sonuçlar Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığına sunulmaktadır.
1.1.2006 tarihinde tamamı uygulamaya giren 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu, Sayıştay’a yeni görevler vermiş ve görev alanını genişletmiştir. Bu kanun ile Sayıştay denetim alanı daha da genişleyerek denetim ve raporlamaya ilişkin görevleri yeniden düzenlenmiştir.
Avrupa Birliğine uyum sürecinde yeniden şekillenen kamu mali yapısı, Sayıştay Kanununda da değişiklik yapılmasını zorunlu hale getirmiştir. Bu amaçla, Sayıştay Kanunu yeniden ele alınmış ve hazırlanan teklif TBMM’ne sunulmuştur.
Bu çerçevede, TBMM Genel Kurulundaki 03.12.2010 tarihli oturumda yasalaşan 6085 sayılı Sayıştay Kanunu 19.12.2010 tarihli ve 27790 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.